Im Jahr 1605 holte Fürst Karl I. von Liechtenstein den Orden der Barmherzigen Brüder nach Valtice, wodurch das erste Kloster des Ordens in Mitteleuropa entstand. Mit dem Bau des Klosters in der Lednická-Straße, zu dem auch eine Kirche gehörte und das der Institution nicht nur rechtliche, sondern auch finanzielle Sicherheit bieten sollte, wurde erst 1662 unter der Herrschaft von Karl Eusebius und unter der Schirmherrschaft seiner Frau Johanna Beatrix begonnen, nachdem es mehr als fünfzig Jahre lang unter provisorischen Bedingungen bestanden hatte. Der rasche Baufortschritt wurde nicht nur durch die Unterstützung der Liechtensteiner ermöglicht, sondern auch durch den wachsenden Bedarf an medizinischer Versorgung für die Bevölkerung von Valtice und so wurde 1668 ein erweitertes Spital mit zwölf Betten fertiggestellt. Im Jahr 1671 wurde der Bau der dem heiligen Augustinus geweihte Kirche abgeschlossen. Vier Jahre später gründete Karl Eusebius eine Stiftung, die einen klaren Rahmen für das Funktionieren des Konvents vorgab. Im Laufe des 17. und 18. Jahrhunderts wurden kleinere Arbeiten durchgeführt (Instandsetzung des Daches, Erweiterung der Apotheke, Anschaffung einer neuen Kirchenorgel), und als Valtice 1713 von einer Pestepidemie heimgesucht wurde, ließ der Prior P. Roman Schrott eine Statue des Heiligen Johannes von Gott aufstellen, um den Schutz der Stadt vor der Pest zu symbolisieren. Im Jahr 1882 wurde das Äußere der Kirche renoviert, einschließlich der Erhöhung der Türme, und zehn Jahre später wurde der Umbau des Krankenhauses abgeschlossen. Die Kirche war nicht nur ein geistliches Zentrum, sondern auch ein Ort, der die Geschichte und Tradition des Ordens der Barmherzigen Brüder widerspiegelte. Noch heute ist ihre Geschichte Teil des kulturellen und geistigen Erbes von Valtice.