Die Grundlagen des heutigen Museumsgebäudes stammen wahrscheinlich aus dem 17. Jahrhundert,
als zusammen mit dem Bau der Kirche unter Fürst Karl Eusebius von Liechtenstein auch das Untere
Schloss in Valtice entstand und der Komplex mehrerer Gebäude der wirtschaftlichen Verwaltung der
liechtensteinischen Güter diente. Ende des 19. Jahrhunderts wurde das Erscheinungsbild der Häuser
auf dem Platz vereinheitlicht und das Museumsgebäude erheblich umgebaut. In der Mitte des
letzten Jahrhunderts befand sich hier das Internat der Staatlichen Landwirtschaftsschule, jedoch
wurde das Gebäude in den 70er Jahren geschlossen und begann zu verfallen. In den 90er Jahren
erwarb das Nationale Landwirtschaftsmuseum das Gebäude und nach umfangreichen
Renovierungen wurde 1994 die Ausstellung aus dem Schloss Lednice hierher verlegt. Weitere
umfangreiche Renovierungen fanden 2018 und 2019 statt, als dank europäischer Mittel drei neue
Ausstellungen entstanden und die Arbeitsbedingungen für die Kuratoren sowie die Aufbewahrung
der Sammlungsobjekte in den Depots verbessert wurden. Dieses Projekt erhielt den dritten Platz in
der Kategorie „Museumsprojekt des Jahres 2019“ im Wettbewerb Gloria musaealis.